AutoDock 提供了强大且高效的蛋白质-小分子对接功能，支持多种生物学研究。

MOE 提供了高效且全面的蛋白质-小分子对接和模拟功能，支持多种生物学研究。

MEME Suite 提供了强大且高效的蛋白质-核酸相互作用序列分析功能，支持多种生物学研究。

Gephi 提供了开源且高效的蛋白质-蛋白质相互作用网络可视化功能，支持多种生物学研究。

HOMER 提供了灵活且高效的蛋白质-核酸相互作用序列分析功能，支持多种生物学研究。

Cytoscape 提供了灵活且高效的蛋白质-蛋白质相互作用网络可视化功能，支持多种生物学研究。

FIMO 提供了高效且准确的蛋白质-核酸相互作用序列分析功能，支持多种生物学研究。

Schrödinger Suite 提供了全面且高效的蛋白质-小分子对接和模拟功能，支持多种生物学研究。